Ο συντονισμός της εφαρμογής των Τομεακών και Περιφερειακών Επιχειρησιακών Προγραμμάτων, καθώς και η εξασφάλιση της αποτελεσματικότητας της διαχείρισης και της εφαρμογής του Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης (ΚΠΣ) και του ΕΣΠΑ είναι αρμοδιότητες της «Ειδικής Υπηρεσίας Συντονισμού της Εφαρμογής Επιχειρησιακών Προγραμμάτων» (σύμφωνα με το άρθρο 2, παρ.1 του ν. 2860/2000, όπως τροποποιήθηκε με το άρθρο 2 του ν.3614/2007 και το άρθρο 3 του ν.3840/2010).

Η Ειδική Υπηρεσία Συντονισμού της Εφαρμογής Επιχειρησιακών Προγραμμάτων (Ε.Υ.Σ.Ε.Ε.Π) αναλαμβάνει αρμοδιότητες της Εθνικής Αρχής Συντονισμού σύμφωνα με το άρθρο 5, παρ. 4 του ν. 3614/2007 και ορίζεται ως η διαχειριστική αρχή των Περιφερειακών Επιχειρησιακών Προγραμμάτων που υλοποιούνται στο πλαίσιο του Εθνικού Στρατηγικού Πλαισίου Αναφοράς 2007?2013. Η δομή και οι αρμοδιότητές της προσδιορίζονται στην ΚΥΑ 3850/ΕΥΣ 523 (ΦΕΚ 333, τ.Β, 29/2/08).

Σκοπός της ΕΥΣ είναι η εξασφάλιση της αποτελεσματικότητας της διαχείρισης και της εφαρμογής του Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης (Κ.Π.Σ) και των Κοινοτικών Πρωτοβουλιών (Κ.Π.), και ο συντονισμός της εφαρμογής των Τομεακών & Περιφερειακών Επιχειρησιακών Προγραμμάτων (Ε.Π.) στο πλαίσιο του Κ.Π.Σ και των Κ.Π., καθώς και των διαχειριστικών αρχών των Ε.Π.. Η ΕΥ ΣΕΕΠ μεριμνά επίσης για το Σχεδιασμό Συστημάτων και Φορέων Διαχείρισης και Ελέγχου παρακολουθώντας, παράλληλα, την επάρκεια και την αποτελεσματικότητά τους, και ενημερώνει έγκαιρα και συστηματικά την Ε.Ε.

Η ΕΥΣ :

• παρακολουθεί και συντονίζει τον προγραμματισμό και την εφαρμογή του ΕΣΠΑ και των επιχειρησιακών προγραμμάτων του ΕΣΠΑ, μεριμνώντας ιδίως για τη συμβατότητά τους με τις εθνικές πολιτικές και τις πολιτικές και προτεραιότητες της Ευρωπαϊκής Ένωσης,
• μεριμνά για το Σχεδιασμό Συστημάτων και Φορέων Διαχείρισης και Ελέγχου παρακολουθώντας, παράλληλα, την επάρκεια και την αποτελεσματικότητά τους, και ενημερώνει έγκαιρα και συστηματικά την Ε.Ε.,
• συντονίζει τις διαχειριστικές αρχές των επιχειρησιακών προγραμμάτων του ΕΣΠΑ και μεριμνά για την εφαρμογή των αποφάσεων της Διυπουργικής Επιτροπής Κοινοτικών Προγραμμάτων,
• Συντονίζει, παρακολουθεί και αξιολογεί την πορεία υλοποίησης των Επιχειρησιακών Συμφωνιών Υλοποίησης, σύμφωνα και με τα στοιχεία που καταχωρούνται στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα (ΟΠΣ) και ενημερώνει εγγράφως κάθε δύο μήνες σχετικά τον Υπουργό Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας.